El área que actualmente constituye la ciudad de Nueva York, fué habitada por tribus nativas como los Manahattoes y Canarsies tal como se desprende de los descubrimientos de flechas y otros artefactos en las áreas de la ciudad que no están ocupadas actualmente por edificios como son el Parque Inwood Hill y el Parque Riverside.

Giovanni da Verrazzano descubrió la zona de Nueva York. En 1626 se fundo la villa holandesa de Nueva Amsterdam (Nieuw Amsterdam) en el extremo sur de Manhattan. En 1664, barcos Ingleses capturaron la ciudad sin enfrentamiento, y fue rebautizada como Nueva York en honor del Duque de York. Al final de la Segunda Guerra Anglo-holandesa en 1667, por el Tratado de Breda, los holandeses entregaron Nueva York formalmente a los Ingleses y recibieron, como contraparte, la colonia de Surinam.

Al inicio de la Guerra de la Independencia de los Estados Unidos, la ciudad fue el escenario de un importante enfrentamiento en la Batalla de Brooklyn. Luego cayó en manos de Británicas que la tuvieron bajo control por todo el resto de la guerra. La ciudad no fue devuelta a los americanos hasta 1783. El Día de la Evacuación fue largamente celebrado en Nueva York.

Durante el siglo XIX, la población de la ciudad aumentó por influjo de un gran número de inmigrantes. En 1811, el trazado de las calles de la ciudad fue expandido para copar toda la isla de Manhattan. Se utilizó una propuesta de desarrollo llamada Commissioners Plan of 1811. En 1835, La ciudad de Nueva York superó a Filadelfia como la ciudad más grande en los Estados Unidos.

Durante la Guerra Civil en los Estados Unidos, los fuertes lazos comerciales de la ciudad con el Sur, así como su elevada población de inmigrantes, llevó a una división entre la Unión y los Estados Confederados, culminando en las Revueltas por el Reclutamiento de 1863, la peor revuelta civil en la historia norteamericana.

Después de la guerra, la tasa de inmigración desde Europa creció, y Nueva York se volvió el primer destino para millones de personas que buscaban una nueva y mejor vida en los Estados Unidos.

En 1898, Nueva York tomó la organización política con la que existe hasta hoy día. Con anterioridad a 1898, la ciudad de Nueva York consistía únicamente de Manhattan y el Bronx, el cual fue anexado por la ciudad del Condado Westchester, la porción occidental en 1874, y la porción oriental en 1895. En 1898 se creó un nuevo gobierno municipal originalmente llamado Gran Nueva York. La ciudad fue dividida en cinco comunas llamadas boroughs. Las comunas de Manhattan y El Bronx cubrieron la ciudad original y el resto del Condado de Nueva York. La comuna de Brooklyn consiste de la ciudad de Brooklyn así como varias municipalidades en la parte oriental del Condado de Kings. La comuna de Queens fue establecida en la parte occidental del Condado de Queens, y cubrió varias pequeñas ciudades y pueblos, incluyendo la Ciudad de Long Island, Astoria, New York y Flushing, New York. La comuna de Staten Island contiene todo el Condado de Richmond. Todos los gobiernos municipales contenidos dentro de las cinco comunas fueron abolidos. Un año después, el área del Condado de Queens que no fue incluido dentro de la comuna de Queens se transformó en el Condado de Nassau. En 1914, la legislatura estatal creó el Condado del Bronx, separándolo del Condado de Nueva York de tal manera que este se limite únicamente a Manhattan. Actualmente las cinco comunas tienen los mismos límites que sus respectivos condados..

En la primera mitad del siglo XX, la ciudad se volvió un centro mundial para la industria, el comercio y las comunicaciones. El primer tren subterráneo. Interborough Rapid Transit Company empezó a operar en 1904. El “skyline” de Nueva York cambió totalmente en los años 30 con la construcción de algunos de los rascacielos mas altos del mundo.

En las décadas anteriores a la Segunda Guerra Mundial, la ciudad cayó en una perdida de población, la que se mudaba a los suburbios. También sufrió la erosión de su base industrial. Como muchas ciudades estadounidenses, Nueva York sufrió varios choques raciales en los años 1960, y en los 70, la ciudad se ganó una reputación de alta criminalidad. En 1975, la ciudad tocó fondo y tuvo que declarase en bancarrota.

Los años 80 vieron el renacer de Wall Street, y la ciudad reclamó su rol como centro financiero del mundo. En los años 1990, las tasas de criminalidad disminuyeron drásticamente y la pérdida de población se revertío mientras que la ciudad se volvía, una vez más, un destino no sólo de inmigrantes de todas partes del mundo sino también de varios ciudadanos estadounidenses que buscaban llevar un estilo de vida cosmopolita que sólo Nueva York podía ofrecer. En los finales de la década de los 90 el boom de la internet dio lugar a otra forma de industria que alimentó la economía de la ciudad.

Los Ataques del 11 de Septiembre del 2001, sobre el World Trade Center causaron el colapso de las Torres Gemelas. Las tareas de limpieza de escombros de la zona, llamada Ground Zero se completó en varios meses, terminándose antes de lo previsto. Desde ese momento la ciudad está impulsando varios proyectos para reconstruir el área que antes ocupaban las torres. La que se construirá en el lugar será el rascacielos mas alto del mundo y previsiblemente se llamara Torre Freedom. Su finalización esta programada para el año 2008.